Il Ministero dei Trasporti e della Navigazione si compone di dipartimenti e servizi.
Accanto al Dipartimento dei Trasporti Terrestri e al Dipartimento dell'Aviazione Civile, il Dipartimento della Navigazione Marittima ed Interna si articola in tre unitą di gestione:
| l'unitą di gestione delle infrastrutture per la navigazione e il demanio marittimo ha il compito del coordinamento e vigilanza sui porti, le autoritą portuali, i servizi portuali e sulla amministrazione del demanio marittimo; | |
| l'unitą di gestione del trasporto marittimo e per vie d'acqua interne ha il compito di definire e gestire la disciplina dei trasporti marittimi, gli accordi e le autorizzazioni di navigazione, la sicurezza marittima e le attivitą ispettive, il cabotaggio e i servizi di trasporto e collegamento marittimo con le isole, il personale marittimo; | |
| l'unitą di gestione della navigazione marittima ha il compito di gestire la proprietą navale e il regime amministrativo delle navi, i sinistri nelle acque marittime e interne, gli interventi a sostegno delle costruzioni navali e di credito navale, la nautica da diporto, la vigilanza tecnica. |