Zona A: area protetta integrale. E' il vero ambiente naturale dove è abolita qualsiasi forma di intervento, sfruttamento o uso produttivo dell'ambiente marino. Il visitatore vi accede solo dietro autorizzazione rilasciata dall'Ente gestore per motivi scientifici o didattici.
Zona B: area protetta generale. Comprende quelle aree di mare in corrispondenza di coste non interessate da insediamenti. In tale area può continuare a svolgersi in modo limitato e razionale la pesca tradizionale, realizzando un equilibrato utilizzo delle risorse naturali.
Il visitatore vi trova l'ambiente ideale per escursioni subacquee, pesca sportiva e fotografia subacquea.
Zona C: area protetta parziale. Corrisponde alla parte di mare circostante i centri abitati, ove sono consentite tutte le attività . Rappresenta, in pratica, il vero ambiente della vita sociale della riserva, con aree di campeggio, uffici della riserva, musei e quant'altro possa essere necessario per consentire al visitatore l'accesso e la fruizione della riserva marina.