A dividere la costa e questi scenari, fra Metaponto e Campomarino, sono le Isole Cheradi e la città di Taranto.
Il fondo marino che contorna le Isole Cheradi, San Pietro la più grande e San Paolo che chiudono a Sud la grande rada del porto di Taranto, presenta tutte le caratteristiche ambientali del golfo.
Il versante occidentale è caratterizzato da una lunga e continua riva sabbiosa da Metaponto fino agli insediamenti del nuovo porto di Taranto; la sabbia, color caffellatte, resti del dilavamento degli Appennini Lucani, dalla riva copre il fondo fino alla batimetrica dei 20-25 metri; l’acqua è spesso torbida, anche al largo, e nasconde una inaspettata rigogliosità; vasti tratti di prateria di Posidonia si alternano a tratti di fondo roccioso suggestivamente popolato.
Alcune secche al largo, segna nove metri di profondità il cappello della secca dell’Armeleia, sono coperte da un ricchissimo coralligeno che si mostra in tutta la sua bellezza: un groviglio multicolore di alghe coralline, anemoni, spugne e una ricca varietà di pesci.
Il versante orientale, da Capo San Vito fino a Campomarino ed oltre, è caratterizzato da una costa rocciosa e bassa, inframmezzata da cale più o meno ampie dove si distendono spiagge di sabbia bianca e finissima; la costa riflette la conformazione del fondo che è in gran parte roccioso.
Vasti tratti sono coperti da sabbia bianca alternati a rigogliose praterie di Posidonia. Il mare su questo versante è sempre limpido per l’andamento delle correnti e per la profondità del mare; la batimetrica dei venti metri è spesso prossima alla costa.
A Torre saturo, fra i più importanti siti archeologici jonici, è stato
rinvenuto il complesso di una villa romana con mosaici e tutta la costa
sommersa, specie in prossimità degli insediamenti magno-greci, conserva sul
fondo moltissimi frammenti di terrecotte, cataste di cocci e colli d’anfora.I subacquei più fortunati possono rinvenire anfore intere nelle vicinanze delle isole Cheradi, Capo San Vito, Porto Saturo, e le Marine di Leporano, Pulsano, Lizzano e Maruggio.
Di Particolare interesse è "la foresta pietrificata" proprio sotto Torre dell’Ovo alla profondità di 5 metri: si era ritenuto che gli elementi rocciosi dalle fattezze di tronchi e rami fossero il risultato di un lunghissimo processo che ha sostituito il silicio al posto del carbonio; gli studi del caso hanno provato che si tratta di tubi organogeni di vermi policheti, un agglomerato cioé di elementi organici ed inorganici dalla suggestiva forma di tronchi d’albero.
Meritevole di una immersione con macchina fotosub o videocamera è il Mar Piccolo, un grande bacino profondo anche 17 metri, a forma di "otto", dalle caratteristiche ambientali peculiari.
Gran parte del bacino è occupato dagli allevamenti di mitili e sul fondo si aprono molte sorgenti di acqua dolce dette "citri"; gli allevamenti, i citri e la posizione protetta di questo bacino rendono l’ambiente molto particolare e suggestiva l’immersione in questo groviglio di corde e pali ammantati di cozze, alghe, idroidi, tunicati e tantissimi altri invertebrati.
Frequente è anche l’incontro con gruppi di cavallucci marini e branchi di piccole orate, spigole e cefali.
Le recenti costruzioni del Nuovo Porto Mercantile hanno modificato enormemente i fondali e gli ambienti originari di questo mare, in particolare il lato occidentale, dove il grande apporto di polveri fini industriali, non più rimosse dal moto ondoso e dalle correnti arginate dai ciclopici moli, ha modificato le biocenosi ed impoverito le popolazioni animali.
La sabbia originaria, che era il punto di partenza per una nutrita e complessa popolazione marina, è stata coperta da un fango nero che non offre interstizi cosicché acqua e ossigeno non riescono a penetrare in profondità limitando lo sviluppo della fauna che vive sotto la sabbia e interrompendo la catena ecologica.
A ridosso di Punta La Forca, verso la foce del fiume Patemisco, non si pescano più, come una volta, cozze pelose, vongole, noci, fasolari ed altre prelibatezze.
Ancora altri problemi sono evidenti andando sott’acqua: gran parte delle rocce nei primi venti metri è stata scalpellata per prelevare i datteri di mare modificando enormemente il fondo marino.
Ma lungo e tedioso sarebbe l’elenco dei gravi danni ambientali con cui convive il mare di Taranto.